L’Institut d’Etudes européennes propose aussi deux masters complémentaires d’une durée d’un an (60 ECTS) qui permettent aux diplômés universitaires de compléter leur formation dans le domaine des affaires européennes : le master complémentaire en analyse interdisciplinaire de la construction européenne et le master complémentaire en droit européen. Ces programmes postuniversitaires sont fondés sur une participation active des étudiants, avec un grand nombre de séminaires ; ils accordent une place importante aux discussions et aux travaux personnels des étudiants. Les enseignements sont donnés en français mais aussi en anglais.

Les cours sont donnés par un corps professoral international, composé d'académiques mais aussi de hauts fonctionnaires des institutions européennes et internationales, ce qui permet aux étudiants d'être à la pointe de l'actualité dans le domaine de la construction européenne et d'être impliqués dans les activités scientifiques menées à l'Institut. Les étudiants peuvent également bénéficier des nombreux partenariats développés par l’Institut tant au niveau européen qu’international Oxford, Cambridge, Fudan University de Shanghai, Université de Montréal, Waseda Tokyo University, Pittsburgh University ...).

Ces masters complémentaires sont organisés par l'Institut d'Etudes européennes de l'ULB sous l'égide de l'Académie universitaire Wallonie-Bruxelles.